Pencarian Kandidat Obat Baru sebagai Inhibitor Main Protease SARS-CoV-2 dari Senyawa Aktif Tanaman Andrographis paniculata: Studi In Silico

Coronavirus Virus Disease 2019 (COVID-19) merupakan penyakit infeksi baru yang menyebabkan terjadinya pandemi global akibat disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Sambiloto (Andrographis paniculata) merupakan salah satu tanaman Indonesia yang memiliki banyak manfaat dan mengandung berbagai senyawa aktif potensial termasuk sebagai antivirus SARS-CoV-2. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mencari potensi senyawa aktif dari tanaman sambiloto (Andrographis paniculata) dan senyawa similarnya sebagai kandidat anti SARS-CoV-2 dalam menghambat main protease menggunakan pendekatan in silico. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi tahapan screening aktivitas antivirus, penambatan molekuler, simulasi dinamika molekuler, prediksi druglikeness, prediksi profil farmakokinetika termasuk absorpsi, distribusi, metabolisme, dan prediksi toksisitas serta prediksi rute sintesis dari senyawa aktif tanaman sambiloto (Andrographis paniculata). Digunakan reseptor target jenis main protease SARS-CoV-2 dengan ID PDB 7SI9, 7RN4, 7NG6, dan 7DPU. Hasil penambatan molekuler terhadap masing – masing reseptor, didapatkan 3 senyawa terbaik dengan nilai ΔG terendah pada reseptor (7SI9 : Bisandrographolide C (-10,3 kkal/mol), Bisandrographolide B (-9,5 kkal/mol), dan Andrographiside (-9,1 kkal/mol)); (7RN4 : Bisandrographolide C (-10,8 kkal/mol), Bisandrographolide B (-9,8 kkal/mol), 14-Deoxy-11-oxoandrographolide (-9,3 kkal/mol)); (7NG6 : Bisandrographolide C (-10 kkal/mol), Bisandrographolide B (-9,2 kkal/mol), 14-Deoxy-11-oxoandrographolide (-8,3 kkal/mol)); (7DPU : Bisandrographolide C (-8,4 kkal/mol), Skullcapflavone I 2’-O-glucoside (-8,2 kkal/mol), 5,4'-Dihidroxy-7,8,2',3'-tetramethoxy flavone 5-glucoside (-8,1 kkal/mol)). Bisandrographolide C menunjukkan nilai ΔG paling rendah secara berturut-turut pada keempat reseptor tersebut sehingga diprediksi berpotensi sebagai kandidat anti SARS-CoV-2. Hasil analisis siimulasi dinamika molekuler (molecular dynamic) yang dilakukan selama 1 ns pada google colab menggunakan OpenMM, menunjukkan hasil bahwa senyawa Andrographiside pada 7SI9 dan 14-Deoxy-11-oxoandrographolide pada 7RN4 dan 7NG6 memiliki interaksi yang stabil dan diprediksi berpotensi sebagai kandidat anti SARS-CoV-2.